В этом вопросе многое зависит от самого колодца и от воды в нём. По сути самая чистая вода - это родники. А родники - это те же грунтовые воды. Так, что в них может попасть всё. Так же как и в ваш колодец. Вот вырыли вы колодец и на глубине трёх метров появилась вода. Она не стоит всегда на одном уровне. Засуха, грунтовые воды будут всё ниже и ниже.
В дожди или таянье снега, она поднимется выше. Грунт - это природный фильтр для воды и как правило она самая чистая. Но не забываем и о разной отраве которой люди травят землю. Вдруг у вас рядом захоронения каких нибудь химотходов. Воды и будут нести вся эту заразу с собой. Так, что в колодце вода может быть как самой чистой-так и отравой. Берите и отвозите на исследование, только там вам скажут какой вред именно в вашем колодце.