Вагуй очень сложно называть рекой при её протяжённости едва превышающей пять километров. Начинается Вагуй в трёх с половиной километрах от одного из микрорайонов Кингисеппа - города в Ленинградской области России. В конце своего пути речка впадает в более крупную реку Лугу с её правого берега. Основную часть подпитки водой Вагуй получает от лесных ручейков истекающих из многочисленных торфяных болот. Полноводной река бывает во время весеннего снеготаянья или затяжных осенних дождей. Невзирая на карликовые размеры Вагуй может похвастать наличием двух мостов, один из которых железнодорожный, а второй автомобильный.