Флешка это тот же съемный диск. Самым простым способом очистить флешку от вирусов - это вставить флешку в usb (при этом желательно зажать клавишу shift, чтобы не сработал автозапуск с самой зараженной флешки) и перезагрузить компьютер - войти через безопасный режим и просканировать саму флешку тем антивирусным продуктом, который у Вас установлен. Все найденное или удаляется, или лечится (смотря как настроен Ваш антивирусный продукт). Затем после проверки антивирусом, желательно проверить флешку на наличие вредоносного программного обеспечения, например использовать для этого программу Malwarebytes.