Слизистая полости рта, слизистая пищевода имеют щелочную среду. Просвет пищевода переходит в просвет кардиального отдела желудка. В месте перехода существует гладкомышечный жом, сфинктер, который в норме препятствует попаданию желудочного содержимого в пищевод.
Слизистая желудка имеет кислую среду. Основная масса клеток, продуцирующих соляную кислоту находится в его нижней половине и нижней трети, в антральном отделе.
Просвет желудка, через пилорический отдел переходит в луковицу двенадцатиперстной кишки, которая из себя тоже представляет сфинктер, отделяя кислое содержимое желудка от щелочной среды двенадцатиперстной кишки.
Локализация изжоги возможна в эпигастральной области (под ложечкой). Ощущается в виде жжения. Может быть результатом повышенной секреции кислотопродуцирующих клеток (состояние гиперацидного гастрита). При недостаточности гастродуоденального сфинктера (деформация луковицы 12-ти перстной кишки, в следствие её язвы, врождённая слабость сфинктера) развивается состояние рефлюкс-дуоденита, происходит заброс содержимого 12-ти перстной кишки в желудок, содержание в нём желчи, кроме изжоги даёт привкус горечи во рту.
Другой вид изжоги, бывает в проекции нижней трети пищевода и по всему пищеводу. Может восприниматься в виде жжения и горечи. Причиной этому служит заброс кислого содержимого желудка в пищевод, состояние называется рефлюкс-эзофагитом. Причиной этого явления может быть врождённая слабость сфинктера, грыжи пищеводного отверстия диафрагмы.
Явления рефлюкс дуоденита и рефлюкс-эзофагита могут сочетаться, тогда изжога из эпигастрия может переходить за грудину.